哲学系始建于1926年，是中国大学最早建立的哲学系之一，由著名哲学家金岳霖、冯友兰等人创建，被视为20世纪前期“清华学派”的主干之一。在本系任教的著名学者有金岳霖、冯友兰、张申府、邓以蛰、沈有鼎、林宰平、贺麟、潘怀素、张岱年、任华、周辅成等人。 1952 年院校调整以后，清华大学撤销了文科，哲学系教师并入北京大学哲学系和中国社会科学院哲学所。在清华大学建设综合性、研究型、开放式大学的新的进程中，清华大学哲学系于 2000 年 5 月正式复建。
与校内原有哲学研究机构密切配合，哲学系在“十五”期间， 承担了马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、伦理学、逻辑学、宗教学、 美学等专业的发展，建成博士点一个( 伦理学 )、硕士点五个(马哲、中哲、外哲、伦理、逻辑)；与科技所合建博士后流动站一个；2003年开始正式招收哲学专业本科生；在2003年的全国学科评估中，伦理学专业排位第三；在2004年“985二期”国家重大创新基地的申报中，同中文、历史和外语系一起成功申报“中华文明与文化研究国家创新基地”重大项目；在2005 年全国第十批增列学位授权审核工作期间，申报哲学一级学科博士点， 在校外通讯评议、校外专家评审、校学位委员会评定中顺利通过， 获得哲学一级学科博士点授予权 。
哲学系复建之初即组织实施“ 三一学术工程 ”（“清华哲学研究系列”、“清华哲学教材系列”、“清华哲学翻译系列”、《清华哲学年鉴》），并集中力量在应用伦理学、西方古典哲学等方面寻求优先突破，取得明显成效。迄今为止，本学科共承担国家哲学社会科学基金项目12项（其中重点项目2项），国家自然科学基金项目3项，市部级项目14项，校级项目12 项，院级项目18项，总经费近400万元人民币。
经过多年来的人才引进和校内调整，哲学系现有教师22人(含外藉教师 1人)，其中教授13人(9人为博士生导师)，副教授7人，讲师2人，70% 的教师具有博士学位； 分布在伦理学、外哲、中哲、马哲、逻辑、宗教学、美学等各个领域。“985二期”建设期间，哲学系将继续承担哲学一级学科建设的主要工作。
哲学系的教师年富力强，处于教学科研的最优工作期； 学术队伍团结而富有朝气，年龄结构和知识结构较为合理， 知识背景和学术层次较高(大多数教师都有国外访学、讲学经验；有国际知名大学博士学位)； 科研项目层次高、数量多(人均居全国高校哲学系之首)， 科研成果多、质量好、有具有海内外学术影响的标志性成果；课程设置科学合理， 人才培养呈现良好发展态势。
古老而又年轻的哲学系正以崭新的姿态行进在新世纪中国与世界哲学发展的大道上，将以开放而又热情的态度欢迎一切有志于哲学的新生力量加入！
哲学系现任系主任万俊人教授，副主任肖鹰教授、韩立新副教授。
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